谢邀。
与应用关系不大，更多在于手机厂商差别。
虽然我并不知道两款应用在具体调用指纹功能时的区别，但我看过一些苹果及华为关于指纹识别的安全性声明。事实上不管安卓还是IOS机制是类似的。
所以指纹识别对支付宝、微信来说就像是黑盒，应用只对输出的true/false作相应处理。 指纹的差别更多在于手机厂商的方案优劣，比如传感器精度、芯片支持（最关键）、接口设计等（android M之前原生并不支持指纹）。这些方面确实是有优劣的，比如支付宝对不同手机的支付额度限制有差别，应该就考虑到了安全性差异。 但时至今日这方面差异又在变小，一方面指纹传感器供应商重叠，另一方面新一代SoC基本都采用了ARM的TrustZone方案，再加上android M系统提供指纹支持，因此各方面都将趋同。1、基于芯片硬件的安全解决方案。指纹加密，存储，校验的程序是运行在芯片里物理隔离的安全OS中，程序无法直接访问，即使手机被破解，这部分仍然不能被访问和篡改。 2、指纹安全程序对外提供经过签名的验证结果，整个过程通过签名保护，无法被仿冒和篡改。支付宝就是通过这个结果来判断是否要付款的。
